ISR de sueldos en el municipio: cómo retenerlo, enterarlo y por qué regresa como participación

La obligación: retener y enterar

• Qué se retiene: el ISR de los sueldos y salarios. La ley incluye entre los ingresos por servicio personal subordinado las remuneraciones y prestaciones de los funcionarios y trabajadores de los municipios, aun las que se entregan por gastos que no se comprueban. Art. 94, fr. I LISR
• Quién retiene: quien hace el pago, es decir, el municipio. Debe retener cada mes y enterar, y esos pagos son provisionales a cuenta del impuesto anual de cada trabajador. Art. 96 LISR
• Cómo se calcula: se aplica la tarifa mensual del artículo 96 a la totalidad de los ingresos del trabajador en el mes. No se retiene a quien en el mes solo percibe un salario mínimo general. Art. 96 LISR
• El municipio no paga ISR propio, pero sí tiene obligaciones: la Federación, los estados y los municipios no son contribuyentes del ISR, pero tienen las obligaciones de retener y enterar el impuesto, emitir comprobantes por lo que cobran y exigir comprobantes cuando paguen a terceros. Arts. 79, fr. XXIII y 86 LISR
• Si no se retiene, igual se entera: aunque el municipio no haya retenido o no haya pagado el sueldo, debe enterar una cantidad equivalente a la que debió retener. Art. 6 CFF

También hay obligaciones hacia el trabajador: pedirle sus datos para inscribirlo en el RFC o su clave, pedirle las constancias de otro empleador cuando corresponda y, al terminar el año, calcular su impuesto anual. Art. 99, fr. II, IV y V, y art. 97 LISR

Plazos de entero

La retención de cada mes se entera a más tardar el día 17 del mes siguiente, mediante declaración. Si el día 17 es inhábil, el plazo se recorre al siguiente día hábil; también se recorre si el 17 es viernes y el pago se hace en una institución de crédito autorizada. Art. 96 LISR; art. 6, fr. I y art. 12 CFF

El cálculo anual no se hace, entre otros casos, para quien empezó después del 1 de enero o dejó de trabajar antes del 1 de diciembre, para quien ganó más de $400,000 en el año o para quien avisa por escrito que presentará su declaración. Art. 97 LISR

Otras fechas del 15 de febrero: proporcionar al trabajador la constancia y el comprobante de los viáticos pagados en el año por los que se aplicó la exención, y presentar la declaración de quienes ejercieron la opción del artículo 94, fracción VII. Art. 99, fr. VI y VII LISR

CFDI de nómina y constancias

• Obligación: expedir y entregar a cada trabajador el comprobante fiscal de lo que se le paga. Ese comprobante sirve también como constancia o recibo de pago para efectos laborales. Art. 99, fr. III LISR
• Cómo se emite: en documento digital (CFDI) a través del SAT o de un proveedor autorizado, con el complemento de nómina. Art. 29 CFF; RMF 2026, sección 2.7.5
• Cuándo: se puede emitir antes del pago o dentro de un plazo posterior al pago, según el número de trabajadores o asimilados: hasta 50, 3 días hábiles; de 51 a 100, 5; de 101 a 300, 7; de 301 a 500, 9; más de 500, 11. En ese caso se considera como fecha de expedición la del pago efectivo. RMF 2026, regla 2.7.5.1
• Pagos de periodos menores a un mes (por ejemplo, semanales o quincenales): se puede emitir un solo CFDI mensual con un complemento por cada pago, pero el ISR se calcula y retiene en cada pago. RMF 2026, regla 2.7.5.1
• Entrega al trabajador: el archivo XML, o una representación impresa con folio fiscal y RFC de ambos. Basta con poner a su disposición una página donde pueda obtenerla. RMF 2026, regla 2.7.5.2
• Viáticos: si en el CFDI de nómina se reflejó la información de viáticos, se da por cumplida la constancia de viáticos. RMF 2026, regla 2.7.5.3

Cada trabajador debe estar dado de alta en el RFC con sus datos correctos. Un CFDI con RFC o nombre mal capturado es un error que el SAT ve y que el trabajador necesita para su declaración.

Por qué el ISR regresa al municipio

La Ley de Coordinación Fiscal dice que las entidades participan al 100% de la recaudación del ISR que efectivamente se entere a la Federación por el salario del personal que trabaja en el municipio, siempre que ese salario se pague con cargo a las participaciones u otros ingresos locales. Después, las entidades deben participar a sus municipios el 100% de la recaudación correspondiente al personal que presta servicio en el municipio. Art. 3-B LCF

En Oaxaca, la ley estatal repite la regla: el Estado participa a los municipios el 100% de ese ISR (siempre que el salario se pague con cargo a sus participaciones u otros ingresos municipales) y, para que aplique, los municipios deben enterar a la Federación el 100% de la retención del ISR de los salarios pagados con cargo a sus participaciones y otros ingresos, e informar ese entero a la Secretaría de Finanzas. Arts. 5, fr. X y 7-C Ley de Coordinación Fiscal para el Estado de Oaxaca

• Condición 1: que el sueldo se pague con participaciones u otros ingresos locales.
• Condición 2: que se entere a la Federación el 100% de la retención del ISR de los sueldos. La ley federal lo dice respecto de los salarios pagados con recursos federales y la ley estatal, de los pagados con participaciones y otros ingresos del municipio. Art. 3-B, párrafo tercero LCF; art. 7-C ley estatal
• Solo lo efectivamente enterado: se cuenta la recaudación que se obtiene una vez descontadas las devoluciones. Lo que no se entera no regresa.

Dicho de otra forma: la ley prevé que el ISR de la nómina regrese al municipio por la vía de las participaciones. Pero eso solo funciona si el entero se hace y se hace completo. La ley no fija aquí un monto ni una fecha de pago de esa participación.

Errores comunes

• Retener y no enterar. Descontar el ISR en la nómina y gastarlo en otra cosa. El dinero retenido no es del municipio.
• Enterar tarde. Perder el día 17 o su prórroga genera actualización y recargos.
• Enterar solo una parte, o solo lo de algunos trabajadores, sobre todo en los sueldos pagados con recursos federales. Eso pone en riesgo la participación del 100%.
• No emitir el CFDI de nómina, emitirlo fuera de plazo o con datos incorrectos.
• Pagar a funcionarios sin retener, incluyendo percepciones que se entregan como apoyos o gastos sin comprobar. La ley las trata como ingreso por salarios. Art. 94, fr. I LISR
• No calcular el ajuste anual ni compensar saldos a favor.
• No informar el entero a la Secretaría de Finanzas, como pide la ley estatal. Art. 7-C Ley de Coordinación Fiscal para el Estado de Oaxaca
• Nómina que no cuadra con la contabilidad: el ISR retenido se registra como pasivo hasta que se entera, y debe poder conciliarse con la contabilidad. Si hay un pasivo sin pagar, se hereda en la entrega-recepción. Ver guía de entrega-recepción →

Qué pasa si no se cumple

• Actualización y recargos por cada mes de retraso, desde el mes en que debió hacerse el pago. Arts. 17-A y 21 CFF
• Multas por no presentar las declaraciones o las constancias que exigen las leyes fiscales. Arts. 81, fr. I y 82 CFF
• Posible delito: omitir enterar dentro del plazo las cantidades retenidas se sanciona con las mismas penas de la defraudación fiscal. Arts. 108 y 109, fr. II CFF
• Efecto sobre la participación: la participación del 100% se calcula sobre lo efectivamente enterado y está condicionada a enterar el 100% de la retención, en los términos de la ley federal y la estatal. Art. 3-B LCF
• Compensación con participaciones: la ley permite compensar las participaciones federales con las obligaciones que se tengan con la Federación cuando exista acuerdo entre las partes o la propia ley lo autorice. Art. 9 LCF

Cada caso se analiza con la autoridad. Estas son las consecuencias que la ley prevé, no una predicción de lo que ocurrirá en un municipio concreto.

Lista práctica mensual

1. Cerrar la nómina y calcular la retención de cada trabajador con la tarifa vigente.
2. Emitir y entregar los CFDI de nómina dentro del plazo que corresponda.
3. Presentar la declaración de retenciones por salarios y pagar a más tardar el día 17 del mes siguiente (o el siguiente día hábil).
4. Guardar el acuse de la declaración y el comprobante de pago.
5. Informar el entero a la Secretaría de Finanzas del Estado.
6. Conciliar lo retenido, lo enterado y lo registrado en la contabilidad.
7. En enero y febrero: ajuste anual, saldos a favor y constancias.